常见问题_SciShare

Scishare成立的初衷是什么？

2021年的某一天，几个海外归国的青年学者一起讨论基因功能研究的手段时，一致认为功能性筛选（批量敲除、敲低或过表达）相对于相关性筛选（各种组学测序）具有明显优势，相关性筛选拿到的基因不一定有功能，而功能性筛选还能在一定环境下对基因功能进行排序，可能发现未知基因功能强于已报道的明星基因。问题在于，用于功能性筛选的CRISPR文库基本上都由科学家们提交于Addgene或者由国内一些公司盗版，主要顾虑有两个：（1）一旦美国政府对生物行业进行制裁，我们就失去了获取CRISPR文库的途径；（2）基于国内公司盗版文库而发表的论文，会不会被质疑违背MTA而被美国要求撤稿也是未知之数。总之，依赖美国或者使用盗版存在极大的不确定性，面临被“卡脖子”的风险。于是具有家国情怀的几个年轻人决定成立一个国人自己的质粒文库共享平台Scishare，将“以科学的方式分享科学”作为宗旨，以公益性质分享CRISPR文库给国内的学者们使用。
为什么说Scishare是一个公益性平台？

目前最知名的公益质粒共享平台Addgene，其在美国的定价标准为单个质粒85美元，文库按大小从275美元至640美元不等；如果依托中国科研机构从Addgene采购，单个质粒约为850元，文库约为2750元至6400元。Scishare致力成为国内最专业的公益性质粒共享平台，为国内各研究机构提供高质量、便捷的质粒及文库资源（例如shRNA单克隆和CRISPR文库）：我们对常见质粒载体骨架进行免费共享，以促进科学知识的自由传播；对于基于常见质粒骨架进行的二次构建，我们仅收取构建成本，为确保平台可持续运营和资源维护而设定为340元/个；文库质粒均为自主知识产权，仅收取引物池合成、构建和测序质控成本，按文库大小从1100元至2560元不等。Scishare的收入将用于平台运营维护及资源维护，并为未来资源的持续更新提供充足的支持。
我们诚挚地邀请各位学者积极申请加入Scishare的理事会，共同扩大其影响力、监督并制定发展规划，让Scishare能成为足以“防止中国科研被卡脖子”的质粒分享平台公益组织。期待与您共同建设和发展Scishare，为科研事业的繁荣添砖加瓦，有意者可发邮件至xxx@xxx.com。
应该去哪里获取CRISPR文库？

目前Addgene上收录了很多科学家共享的CRISPR文库，有需要的国内学者可以从Addgene购买，但是不推荐科学家从国内第三方公司购买盗版Addgene文库，这些文库购买时都跟Addgene签署了材料转移协议（MTA），如果利用这些文库开展实验发表论文时材料来源无法正确标注，也违背了投稿时杂志社的利益冲突申明（Conflict of interest）。中国学者可以从国人自己的共享平台Scishare购买CRISPR文库，Scishare构建了覆盖人和小鼠CRISPRko、CRISPRi和CRISPRa的全库和亚库，所有CRISPR文库均为自主构建，拥有自主知识产权。
Scishare相较于Addgene的优势是什么？

（1）可用性强：Addgene文库到货只有1ug质粒，需要进行文库的扩繁和二代测序质控，耗费时间长，在这个过程中很容易造成文库质粒丢失和平衡性变差，从而影响实验结果。而Scishare文库进行了严格质控，所提供的质粒量能够满足申请者实验需求；
（2）发货周期短：因为海关和进口的问题，Addgene文库到货时间很久，Scishare可以承诺现货文库3个工作日发货，非现货文库7个工作日发货；
（3）费用低：Addgene文库需要支付文库费用、手续费、邮寄费，后期扩繁文库还需要文库扩增费用，而Scishare只收取文库费用。
（4）MTA签署简单：Addgene MTA需要PI签字并扫描发送至Addgene审核，而Scishare支持电子签名只需PI邮箱确认即可，手续较为简便；
（5）付款方式灵活：Addgene文库需要提前预付全款，而Scishare文库是发货同时开具发票，客户可以收到文库后再报销。
CRISPR文库的质量怎么评估？

一个好的CRISPR文库通常由覆盖度（coverage）和平衡性（balance）两个维度来判断其质量：
（1）文库覆盖度表示gRNA是否存在丢失现象，通常99%覆盖度可认为文库质量合格；
（2）评估文库平衡性的第一个指标是sk比值（skew ratio）= 累积分布达到90% gRNA数目时对应的count数/累积分布达到10% gRNA时对应的count数，一般sk小于10认为文库平衡性可接受；
（3）评估文库平衡性的另一个指标是AUC曲线，用所有gRNA count数绘制一个累加曲线，用曲线下面积来反应文库质量，一般AUC小于0.7认为文库平衡性可接受。
我们发起的Scishare共享平台所有CRISPR文库质粒都经过严格的质控，均满足以上三个指标。
什么是材料转移协议（MTA）？

材料转让协议（Material Transfer Agreement，MTA）是一项管理科学材料转让的法律协议。它为Scishare存储库中的材料提供知识产权保护，并确保接收科学家和接收组织在使用所请求的材料时同意Scishare相应条款。
如何签署MTA？

Scishare存储库中的大多数项目都需要MTA的批准。MTA可以由课题组学生、科研助理或秘书代为准备，签署课题组组长（PI）电子签名，订购时通过抄送邮件至PI邮箱的方式确认。Scishare保留审查和拒绝MTA的权利。有关MTA签署过程的更多详细信息，请参阅我们的订购流程页面。
为什么质粒和文库有不同规格？

我们的单克隆质粒产品和骨架载体一般只提供1ug版本，CRISPR文库产品一般分为1ug和50ug两种规格，以上浓度均由定量设备Qubit 4（ThermoFisher Scientific）进行定量，Nanodrop定量可能存在浓度偏大的可能。1ug包装购买后需要客户自己进行质粒扩增，50ug包装可以满足大多数客户进行病毒包装的需求。一般来说，针对单基因的载体建议购买1ug包装，针对CRISPR文库则建议购买50ug包装。
多久可以拿到订购的材料？

通常，MTA签署完成后我们会根据库存量安排发货时间。单基因质粒我们会一代测序确认后发货，发货时间为3个工作日。CRISPR文库我们会准备一定量的产品现货，现货产品的发货时间为3个工作日。CRISPR文库现货库存消耗完以后则进行电转和二代测序验证以评估其覆盖度（覆盖度高于99%）和平衡性（SK值小于10，AUC值小于0.7），无现货的产品发货时间为7个工作日。